La Comisaría de Aguas es la unidad encargada de otorgar las autorizaciones y concesiones referentes al dominio público hidráulico y sus zonas de protección y tramitar las declaraciones responsables para navegación y flotación, de realizar actividades de inspección y vigilancia del dominio público hidráulico y la zona de policía de cauces y aplicar el régimen sancionador por incumplimientos de la normativa en materia de aguas.

La Secretaría General tramita las quejas y sugerencias y todas las unidades administrativas del Organismo proporcionan información ambiental relacionada con las funciones que desempeñan.

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