Con la entrada en vigor de la Directiva 2000/60/CE (Directiva Marco del Agua, DMA en adelante), los requisitos de control de calidad de las aguas aumentaron sustancialmente y la noción de calidad se amplió con la introducción del concepto de estado en el que, además de los indicadores fisicoquímicos, se tienen en cuenta indicadores biológicos e hidromorfológicos.

La valoración del estado de las masas de agua y de las zonas protegidas representa un elemento central de la gestión en las Confederaciones Hidrográficas, y concretamente de la planificación hidrológica, puesto que determina la necesidad de evaluar, implantar o corregir medidas que den lugar a la consecución de los objetivos medioambientales que plantea la propia planificación. Esta evaluación de estado de las masas de agua se sustenta en tres pilares:

• Ejecución de los programas de control del estado de las masas de agua. 
• Aplicación de sistemas de evaluación de estado ecológico, químico y cuantitativo. 
• Interpretación de los resultados incorporando la componente espacial y temporal.