Existen cuatro unidades administrativas, con nivel de Subdirección General y dependientes de la Presidencia de los organismos de cuenca: Comisaría de Aguas, Dirección Técnica, Secretaría General, y Oficina de Planificación Hidrológica. Dos de estas unidades, Comisaría de Aguas y Dirección Técnica, cuentan con sendas Subdirecciones Generales adjuntas.

Estas unidades sirven para dar soporte técnico a las decisiones emanadas del Presidente y de la Junta de Gobierno, así como de otros órganos colegiados.

Desempeñan además las funciones asignadas a los Organismos de cuenca por la Ley de Aguas y sus Reglamentos.

Por tanto, el equipo directivo del Organismo queda conformado según el siguiente organigrama:

Pinchando en el gráfico sobre cada una de las unidades podrá ver su estructura orgánica y las funciones que desempeña

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