El anteproyecto consiste en el diseño de un tratamiento secundario para cumplir las condiciones de vertido al mar Cantábrico, dando las garantías debidas de funcionamiento y teniendo en cuenta todas las circunstancias y condicionantes que la actual EDAR impone en cuanto a implantación, disponibilidad de terrenos, condiciones funcionales, etc.

En la actualidad, está pendiente de ejecución el colector interceptor general Santoña–Laredo, el colector interceptor del Asón–Colindres–Ampuero y el Colector General de la ría de la Rada, por lo que a la EDAR llega únicamente parte de la contaminación prevista inicialmente de 150.000 habitantes equivalentes.

El Anteproyecto se encuentra en tramitación ambiental. El importe es de 28.217.262,27 € y su plazo de ejecución de 24 meses.

El 21 de febrero de 2024, la Dirección General del Agua aprobó técnicamente el Modificado nº 1 del contrato de SERVICIOS PARA LA REDACCIÓN DEL ANTEPROYECTO PARA LA MEJORA DE LAS INSTALACIONES DE TRATAMIENTO DE LA EDAR DE SAN PANTALEÓN. SANEAMIENTO GENERAL DE LAS MARISMAS DE SANTOÑA (CANTABRIA) por un importe adicional de 68.788,61 € y un plazo de ejecución de 6 meses.

Con fecha de julio de 2025 se remitió al órgano ambiental información requerida por este en relación con el estudio de olores de la EDAR.