Entre los instrumentos de gestión que rigen la actividad de la Confederación Hidrográfica del Cantábrico, en cumplimiento de la normativa en materia de aguas, se encuentran: los planes hidrológicos, los planes de gestión del riesgo de inundación y los planes especiales de sequía. 

Además, para el control de su eficacia y la supervisión continua que dicta la Ley de Régimen Jurídico del Sector Público, el Organismo desarrolla sus propios planes de actuación y planes estratégicos.