El Río Agüera, es un curso fluvial que desde su nacimiento, en las estibaciones del Burgueño, hasta su desembocadura en la Ría de Oriñón, entre Guriezo y castro Urdiales, recorre 31,4 Kilómetros.

En su comienzo sirve de límite municipal entre Valle de Villaverde y Arcentales para pasar por Trucíos, Guriezo y acabar en Castro Urdiales, regando cinco municipios y dos provincias, Cantabria y Vizcaya.

Atraviesa a su paso localidades como La Matanza, Trucíos y Agüera. Sus principales afluentes son los ríos Remendón (7,8 Km), y Rioseco (4,8 Km).

La cuenca hidrográfica que lo alimenta tiene 147 Km2. Su caudal medio anual es de 4,49 m3/seg., con mínimos estivales de 1,18 m3/seg. y máximos de 9,94 m3/seg.

Nace este corto curso fluvial junto al Burgueño, a una altitud de 600 metros, ejerciendo de frontera entre el municipio de Arcentales, en Vizcaya, y Valle de Villaverde, enclavado cántabro en esta provincia, en un terreno montañoso cubierto de espesos bosques. Se dirige el río hacia el este durante un corto espacio, para girar hacia el norte, siempre separando los municipios, hasta que se adentra en Valle de Villaverde para encontrar la primera población, La Matanza, situada sobre la primera vega plana que crea el río. Cruza el tramo de Vizcaya que es el municipio de Trucíos, dejando al Oeste el Parque Natural de Armañón y atravesando la localidad de La Iglesia.

Vuelve a girar hacia el noroeste para atravesar el Valle de Guriezo, estrechándose la llanura hasta llegar a Trebuesto, donde gira hacia el norte y se encuentra con el Arroyo del Remendón, junto a El Puente. La vega se amplía aún más, asentando a Revilla. El río se transforma en Ría de Agüera en el lugar donde toman influencia las aguas saladas del mar, junto a Nocina, y desemboca al mar en Oriñón, dividiendo las playas de Oriñón y de Arenillas, entre las Puntas de Sonabia y de Islares, que enmarca la Ensenada de Oriñón.

En el Valle de Guriezo se encuentra el Embalse del Juncal, reteniendo las aguas del río Chirlía, afluente del Agüera. La presa, construida en 1930, es de materiales sueltos con núcleo de arcilla. Este tipo de presa se suele construir para aprovechar los materiales del entorno, por economía o dificultad para el transporte, o cuando el lugar donde se apoya la presa no resiste las cargas de una presa de gravedad o arco. Un ejemplo de este tipo de presas es la Presa de Assuan, en el Río Nilo. En este caso, al tratarse de un lugar remoto, especialmente en los años de construcción de la presa, parece ser que el factor decisivo para elegir este tipo de construcción fueron las malas infraestructuras que deberían aportar el material.

Este embalse se alimente mediante el Canal del Juncal, que desde el Pico Nieves recorre más de 11 kilómetros, rodeando la cabecera del arroyo Remendón hasta la masa de agua. Desde aquí es conducida por otra tubería hasta el Depósito de Agua Pirucuito y desde aquí a Trebuesto. Así, sirve como reserva de agua en época de estiaje, cuando el agua se libera al Río Agüera donde es captada para ser potabilizada.

El Río Agüera es considerado Lugar de Interés Comunitario (LIC Río Agüera) desde que vuelve a entrar en Cantabria, y fue incluido en la Red de Espacios Naturales Protegidos de Cantabria en 2006. Esta figura protege el sábalo (Alosa alosa), la madrilla (Chondrostoma miegii) y el cangrejo de río (Austrapotamobius pallipes).

Valle de Villaverde, donde nace este río, que entre 1822 y 2005 se llamó Villaverde de Trucíos, es un enclave cántabro en el País Vasco. Esta zona, conocida como Las Encartaciones, fue adquirida en el siglo XV al señorío de los Ayala y Salcedo por el segundo Conde de Haro, Pedro Fernández de Velasco, siendo el antecedente de esta situación de enclave. Recibió el nombre de Villaverde de Trucíos en 1822 al crearse los ayuntamientos constitucionales durante el Trienio Liberal, al tener que relajar Fernando VII su monarquía absoluta y acatar la Constitución de Cádiz. Tras la muerte del Rey, al producirse la división provincial de 1833 de Javier de Burgos se adscriben a la provincia de régimen normal más cercana, Cantabria, ya que Vizcaya se regía por el régimen foral.

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